发生地磁暴时，电离层往往会发生强烈的扰动，可能对短波通信和全球导航卫星系统（GNSS）产生影响，尤其是GNSS，它使用的导航信号主要来自于2万公里的太空，会受到距离地面60—1000公里的电离层活动的影响。地磁暴发生时，使用GNSS单频定位的手机定位精度会下降，偏差可能从正常的10—20米变成上百米，甚至在个别情况下出现不能使用的情况。