抗日战争期间，体育工作遇到了严峻的形势。1940年10月，国民党政府在重庆召开了全国国民体育会议第二次大会，蒋介石到会讲话，强调强国必先强身，充分肯定了体育的重要性。1941年9月，又公布了《修正国民体育法》。抗战爆发后，教育部体育委员会随国民党政府迁到汉口，在汉口召开了第五届会议，后又迁重庆，于1940年和1941年召开第六届、第七届会议，修订章程，改名为国民体育委员会，下设学校体育组、社会体育组和研究组。还在中央军事委员会政治部下设体育科，主管军队体育训练方面的事务；1943年，又成立中央团部体育指导委员会等。
学校体育方面，抗战时期，由于学校大量内迁，体育场地、经费都比战前更为困难。广大体育教师为推动学校体育的开展，做了许多努力，采用了适当简化动作、自制教具教材、推行简便易行的运动方式，尽量利用自然环境搞登山、游泳、越野跑等运动。国民党政府也为此采取了一定的措施。1940年，颁布《各级学校体育实施方案》，规定各校“应有合理之行政组织”，多数中学和部分小学设立了体育处或体育组。1942年后，教育部组织人员编写了各种体育教材及体育参考书，到1946年为止，已出版中小学体育教材13种，体育参考书10种。1943年春曾制定《学生体格标准》，也搞过小学生运动技能标准。不过，学生体质和运动水平仍呈下降趋势。