宁玛派和苯教以及汉地禅宗等结合较多。这种结合使宁玛派有这样一些特点：组织松散，戒律不严，大多以家为寺，娶妻生子；在密宗修持法中有许多类似苯教的血腥恐怖仪式，而且很大一部分宁玛派僧人只从事专为人祈福、驱灾、占卜、打卦等事，不从事佛学研究和佛法修持。宁玛派的主要寺庙有桑耶寺、敏竹林寺、多吉扎寺、康托贡寺、白玉寺、佐钦寺和西庆寺等。其中，敏竹林寺以研习天文历算以及藏医、书法等闻名，佐钦寺则以建制庞大的佛学院闻名，不时吸引远在尼泊尔、不丹等地的宁玛僧人前来求学。
◎何谓三根九乘
虽然宁玛派的组织涣散，教徒分散于各地，教义庞杂纷乱，各有各的传承，但其中的教义精髓却是一脉相承，即所谓的“三根九乘”。
九乘意指九种方法、九种等级等。九乘包括显教三乘、密教六乘。密教六乘中又分为外密三乘、内密三乘。内密三乘中的最后一乘还包括心、界、要门三部，即三根。
显三乘，分为声闻、缘觉、菩萨等三乘，是佛教的起始阶段。前两乘相当于一般的小乘，后一乘相当于大乘。宁玛派认为，三乘概括了佛教显教各派。而显教三乘的教法，在佛教内部各派说法没有不同，在西藏也无新旧宗派的差别。他们共同认为，只有彻底断除烦恼，才能出离生死轮回，趋向涅槃。