秀气的义经大智大勇，三下五除二就杀得义仲掉了脑袋。晋见法皇时也彬彬有礼，立即被任为左卫门少尉兼非违使，很快便可以上殿议事。其后义经进军西部，在本州最南端的沿海将平氏家族全部消灭，连年幼的安德天皇以及三件神器之一的神剑也沉入海底。但卓越的功勋与朝廷的赏赐引起赖朝的猜疑，义经带俘虏进入镰仓的请求遭到拒绝，被迫再次回到京都。后白河法皇喜出望外，正好利用义经牵制权势不断膨胀的赖朝，除升官加爵外，还将平氏家族的庄园转赐义经，并下达征讨赖朝的圣旨。
赖朝立即发兵进军京都，并得到各地武士的支持，义经孤立无援，只好潜伏地下，辗转各地。后白河法皇乘机将责任推卸的一干二净，但赖朝获得统治全日本的权利，即向全日本派遣心腹“御家人”担任管理庄园并征税的“地头”以及统治各国的“守护”。义经逃亡途中与爱妾阿静分手，最后投靠奥州老友秀衡。秀衡死后，其子泰衡攻杀义经，但仍然没有获得来自镰仓的原谅，赖朝亲率大军进攻奥州，灭掉藤原家族。阿静被人送至镰仓，生一子也被赖朝所杀，听到义经的噩耗后，恸而气绝，时年20岁。