《十二门论宗致义记》，虽是解释罗什所翻译的《十二门论》，但他并不抄袭从来的三论家嘉祥一派的见解，是根据其所听到日照三藏的新说而写的，其中引用日照之言，大意说，近代天竺那烂陀寺中，同时有二大论师，其说各异。其一为戒贤，远承弥勒、无著(1)，近继护法、难陀，由《深密》等经、《瑜伽》等论，以明法相大乘，广分名数，利别三时教。另一为智光，远承文殊、龙树，近禀青目、清辨，由《般若经》《中观》等论，以显无相大乘，广辨真空，又以三时教开宗。据其说，佛最初为了小根，说四谛小乘法，以示心境倶有，在第二时，为了中根，说法相大乘，教以境空心有。最后，在第三时，为了上根，说无相大乘，论以心境俱空。三时各异其教，前二时是接引入的方便说，只第三时之教才是真了义，因此，法相大乘只是方便说。这样来抑压玄奘、慈恩之新宗。他在《五教章》中更使之发展而建立了五教十宗的教判，今为便利计，表记五教批判如下：
小乘教只是说明现象界即事法界，惟大乘教在现象之上说明本体即理法界。然而，虽然同样是说明本体的，可是，有使现象与本体对立，为说明现象之起源而有本体之说的，例如相始教；又有否定一切现象，认为它是空无的东西，而说明潜伏其内部的本体的，例如空始教。前者主要是现象的说明，到底是说明事法界，后者主要是说明本体，故它是说明法理界。但一到了大乘终教，便更进一步了，认为本体之理和现象之事，实际是一体的两面，不是分别开的，现象之事，毕竟是本体之理的作用动作，故离开了现象之事，本体之理是不可想象的，此称为理事无碍法界观。如果，本体和现象既是一体，则每一个差别的现象，都不能不是绝体的本体。如果一切现象都是绝对的，则一切现象便不能不是相互融通无碍，在华严宗方面，便称这道理为事事无碍法界观，说明了这事事无碍法界观的，唯有《华严经》，它是最进步的哲学。欲说明这事实，便是贤首的五教教判的目的。贤首为说明事事无碍之教理便主张十玄缘起，今已无余暇以说明之，仅略言因陀罗网境界门，以示其一例吧。所谓因陀罗者，帝释天也，所谓因陀罗网者，即是盖在帝释天之上的穹形之网。这个网的结头结尾，都穿着如丸的珠，任何一珠都藏着其他一切珠的影，称之为一重累现。然而，藏在每个珠的无数珠影，不单是其他珠之影，而且是既藏着无数影的珠之影，这称之为二重累现。这么地，藏着三重、四重以致重重无限之累影，故举一珠，其他珠便自反映于其中。现象的一切事物，正如此珠一般，每一事物和其他一切现象都相依相属着，故虽举任何事物，其他一切都包含在内，这便见主张事事无碍的根据。一切事象，是事事无碍，故每一事象和其他一切事象是随伴及相透，而使每一事象成为实在，于是，虽拿任何事象来看，亦是绝对的实在，特别在主观的心理中找寻此实在的中心时，则可以说一切现象，都是一心法界内的缘起。这就是《华严》的法界缘起论。