在等待和筹备工作中，又一年过去了。一八五八年六月十日，原来的两艘船装着原有的电缆重新鼓起勇气再一次出航。由于第一次出航时电讯号的传递功能良好，所以这次人们按原计划从大洋中部开始向两岸铺设电缆。新航行的头几天平安地过去了。到第七天，铺设电缆的工程就要在预定的地点开始。在这之前，航行像是在游览一样，铺缆机闲置着，水手们悠闲地休息，欣赏着明媚的风光。晴空万里，碧海无浪。
但第三天，“阿伽门农号”舰长心里隐隐感到一阵不安。他扫了一眼气压计，发现水银柱正以惊人的速度下降，特别恶劣的天气正在酝酿。第四天果真刮起了一场风暴，这场风暴甚至连在大西洋中久经考验的海员也极少遇到过。最不幸的是，英国电缆铺设舰“阿伽门农号”正好遇上这场风暴。一条在各大海洋、甚至在战争中经过最严峻考验的卓越战舰，这条英国海军的旗舰本可以经受得住这种坏天气。但不幸的是，为了铺设电缆，它被全部进行了改装，以便能装得下大量电缆。它不像货船那样，可以把重量向各个方向均匀地装到货舱里，那巨大线盘的全部重量都压在了船的中央，船前部的负荷不重，从而引起了不良后果，使船身颠簸起来加倍地摇晃。恶劣天气就是这样同它的牺牲品开着最危险的玩笑。船只被波涛或左或右、或前或后地掀成四十五度角。汹涌的波涛拍打着甲板，毁坏了一切。一次新的厄运——风浪每一次最可怕的冲击都使船只从龙骨到桅杆发生剧烈的震动，甲板上推煤挡板倾倒下来，煤堆像碎石、像黑色冰雹一样向已血肉模糊和精疲力竭的水手砸击。一些人被煤砸伤．另一些人在厨房里被翻倒的锅炉烫伤。一名水手在十天的风暴中发了疯。有人甚至作了最坏的打算：从甲板上抛掉一部分引起灾祸的电缆。幸亏船长不愿负起这种责任，他是对的。“阿伽门农号”经历了无法形容的考验以后，终于战胜了历时十天的风暴，虽然耽误很久，还是在应该铺设电缆的世界海洋的约定地点找到了其他船只。