“儒学地域化”归纳出三大地域知识群体的特色，进一步企图做的便是从人文地理因素入手，解释造成各地特征有异的原因。可是作者太相信中国士大夫笔下所描绘的地域特征了。书中引用的材料大多出自各种地方文献，其中表述的与其说是历史真实，不如说更多的是发言者感性的认识与评价。在这里，作者似乎忘却了运用他推崇的“话语分析”来引导读者读出这些史料的弦外之音。程美宝认为，运用这些前代士大夫综述的地方特色，去解释作者自己归纳的地域知识群体特色，恐怕有双重的危险：一是究竟这些“特色”或“个性”本身是否属于事实，还是只是观点；二是用一种“特色”去解释另一种“特色”，是否只是循环论证？
在程美宝看来，我们往往会因应自己研究的需要，进行临时性和分析性的地域划分。在处理政治和经济问题方面，客观参数较多，诸如行政、税收和军事的管辖范围，商品（特别是实行分区专卖的盐）和货币流通的范围等。然而，在处理文化现象方面，则绝对不能单从研究者的眼光出发，漠视研究对象的主观意识。这又联系到近年人文社会科学十分关注的“认同”（identity）问题。我们按照自己认识的语言和风俗分别而划分出来的文化区域界限，往往只是一厢情愿，是绝对不能强加于我们的研究对象身上的。阅读历史地方文献，我们大抵可以了解到士大夫的地域意识，但我们更难掌握的是大多数目不识丁的老百姓的地域意识。我们可以在平面的地图上按照我们的需要划分区域，我们可以在立体的历史时空里根据文献划分区域，但必须时加警惕的是，研究对象脑海中的区域观念，并非一定和我们作为研究者划分的区域范围叠合。