后人对这件事感到非常的惋惜。当郑成功进军南京的时候，清朝派军南下支援的军队还没有到达，如果立即进攻，很可能获得全面性的胜利。
郑成功因没听从部下的劝告，导致军队伤亡惨重，南京之役彻底失败后，他想要举剑自刎，被手下劝阻了。他只好含悲忍泪，继续开创明日的道路。
在南京一役失败后，郑成功只好率领残余的郑家军退回镇江。当时很多大将都已阵亡，很多士兵在撤退中不知所踪，于是郑成功就重新整编军队，招揽兵员递补缺额。
这时，正领兵占据长江上游几省的张煌言，派了一个和尚偷偷地给郑成功送了一封信。劝他不要灰心丧气，因为天下人心思汉。当务之急是招兵买马，整编军队，以便日后反攻。郑成功想起张煌言曾劝他先攻下崇明岛，作为军事大本营再攻取南京。如果当时攻下崇明岛，或许还可以成为再度北伐的跳板。
郑成功把这个想法和部下们说了，他们认为这个建议依然可行，因此就决定进军崇明。当初郑成功不同意先攻打崇明，就是因为这里易守难攻。果然，这次攻打一直就不顺利。