现在越来越清楚的一点是，寄生虫很可能也促使它们的宿主变得越来越多样化。寄生虫不会以同样的方式攻击一整个物种。一个特定地区的寄生虫会专门攻击这个地区的宿主群体，适应宿主基因的当地子集。宿主相应演化，但仅仅是这个地区的宿主，而不是整个物种。这种局部性的斗争[44]催生了有记录以来最迅速的一些演化案例，其中包括丝兰蛾和它们产卵的花朵、螺类和寄生螺类的吸虫、亚麻和寄生亚麻的真菌。随着这些宿主群体抵御专门攻击它们的寄生虫，它们的基因也和所属物种的其他个体变得有所区别[45]。
然而这还只是寄生虫推动宿主形成新物种的诸多方式中的一种。例如，基因寄生虫能够加速宿主的演化。为了演化的发生，基因必须产生新的序列。普通的突变能够得到这个结果，比方说来自外太空的宇宙射线偶然间撞击了DNA，或者细胞分裂时基因不小心插错了位置。但是在基因寄生虫的帮助下，突变还能发生得更加频繁。基因寄生虫在细胞染色体之间或物种之间跳跃时，有可能把自己嵌入一个新基因之中。这种粗鲁的穿插通常会引起麻烦，就像你把一串随机指令塞进电脑程序的中间。但是，这种干扰偶尔也会变成好事——演化意义上的好事。被打乱的基因有可能会突然能够制造一种新蛋白质，发挥新的作用[46]。似乎正是基因寄生虫的一次盲目跳跃使得我们能够更有效率地抵御寄生虫。有迹象表明，制造T细胞和B细胞上的受体基因是由基因寄生虫凭空创造出来的[47]。