第三，研究方法的变化。这个变化表现在几个不同的方面。首先，是对相关学科的认识与建设。关注“史学与他学之关系”，是“新史学”的一个重要内容，认为地理学、地质学、人种学、语言学、政治学、宗教学、法律学、心理学、经济学等，都与史学有直接的关系；如伦理学、心理学、天文学、物理学、化学、生物学等，其理论也往往同史学有间接的关系。而特别是史料学的建设，对史学的近代化有重大的意义。梁启超在《中国历史研究法》中有专章论述史料的分类、搜集与鉴别；其中，对于考古资料和外文资料的阐述，具有新的含义。其次，是世界观念与比较研究的方法。从《海国图志》问世起，中国史学家逐步形成了近代意义上的世界观念，并从这一观念来看待世界各国的历史和中国的历史。十九世纪末和二十世纪初，中西文化的进一步撞击，也推动着史学家从世界的观念和比较的眼光来审视中国的历史。“新史学”的理论，以及在这种理论指导下对中国历史的重新认识，都包含了这一新的观念和比较的方法，章太炎所著《訄书》，有不少部分都是吸收了西人、西史同时兼采日本、印度学者之说，结合中国历史与史学，阐述了作者的新见解。