在那千钧一发的时刻，白圭率兵前来增援，刘清领兵千余，由小路绕到寨后，纵火焚义军营寨。正面，白圭率大军进攻，义军数万迎战，见营后起火，腹背受敌，顿时乱了阵脚，被明军斩杀了万余人。刘通、苗龙等40余人被生擒。送到京师，磔杀于市。义军余众男子10岁以上者都被斩杀。刘长子、石龙两个人在乱军之中逃去，收集余部，聚众于四川巫山。白圭派参将喜信、鲍政、都指挥白玉追蹑其后，进兵巫山。
同年十月，刘通义军粮草都用光了，军心也开始有所动摇。白圭派指挥张英打探，知道他们缺少粮草，于是想趁机进山诱降他们。刘长子见明军气势汹汹，临阵动摇，起了投降之心，五花大绑把石龙绑了，送到了喜宁营。而他自己则率领众军到喜宁营乞讨粮食，随即投降。过了不久，刘通的妻子连氏以及义军将领一共600余人都被诱降。刘长子因为出卖石龙等义军领袖，终究还是没能逃过一死。同年十一月，明军班师回朝，众人都被押送进京，石龙与刘长子等均被杀于市。为了能够彻底安抚流民，朝廷又任命原户部右侍郎杨璿为右副都御史，前去抚治荆襄、南阳流民。